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杨帆

杨帆

研究员 博士学位
人才称号:
研究方向:可解释机器学习
\tfanyang@sdu.edu.cn
出生年月
\t1983-04-04
民族
汉族
最高学位
博士学位
职称
研究员
毕业院校
山东大学
所学专业
计算机科学与技术
工作单位
山东大学
工作常住地

专家简介

研究方向 深度因果学习,深度强化因果学习 研究课题 肿瘤靶向基因预测,药物不良反应预测 受教育状况 • 2001.09-2005.06,山东大学(本科); • 2006.09-2008.06,山东大学(硕士); • 2011.09-2017.06,山东大学(博士); • 2013.10-2015.06,University of Minnesota (联合培养博士) 工作/学术背景 • 2015.06-2017.09, Indiana University (Research Fellow) • 2017.09-2018.04, Ohio State University (Research Fellow) • 2018.01-2019.04, 山东财经大学, 讲师 • 2018.01-2019.04, 山东省金融信息工程技术研究中心,副主任 • 2019.04-至今,山东大学,研究员 国家健康医疗大数据研究院-可信人工智能研究中心主任 国家健康医疗大数据中心(北方),研究员 山东师范大学,兼职博士生导师 济南大学,特聘研究生导师 山东理工大学,兼职研究生导师 青岛科技大学,兼职研究生导师 社会&学术兼职 • 中国计算机学会—人工智能与模式识别专业委员会,委员 • 中国计算机学会—计算机应用专委会,委员 • 中国计算机学会—青年工作委员会,委员 • 中国人工智能学会—智能服务专委会,委员 • 中国人工智能学会—智慧医疗专委会,委员 • 中国人工智能学会—粒计算与知识发现专委会,委员 • 山东省人工智能学会,理事 • 山东省人工智能学会—学术工作委员会,委员 • 山东省人工智能协会,专家库专家 • 山东省科技厅人工智能专家库,专家 • 中国工业与应用数学学会-大数据与人工智能专业委员会,委员 • 中国工业与应用数学学会-数学与医学交叉学科专业委员会,委员 • 中国生物医学工程学会,高级会员 • 中国数学会,会员 • 国际生物统计学会 (IBS),会员 • 国际生物统计学会中国分会(IBS-China),会员 • Briefings in Bioinformatics(IF=11.6,JCR Q1,中科院一区),审稿人 • IEEE Journal of Biomedical and Health Informatics(IF=5.772, JCR Q1,中科院一区,CCF-),审稿人 • Health Information Science and Systems(JCR Q1),编委&审稿人 • Frontiers of Computer Science(IF=2.06,JCR Q1,中科院二区),审稿人 • 软件导刊,审稿人 • 2018 The First CCF International Conference, 审稿人 • 2018 The 7th China Conference on Data Mining,审稿人 基金&项目: • 2021.12-2025.11,国家重点研发计划,面向PB级多源卫生健康科学大数据的智能分析与挖掘关键技术及示范应用(2021YFF0704100), 340.8万,课题负责人 • 2020.07 - 2023.06,国家重点研发计划,面向主动健康的疾病预测预警及干预技术研究(2020YFC2003500),105万,子课题负责人 • 2019.08 - 2021.08,中国博士后面上基金, 基于深度因果学习方法的个性化精准医疗预测研究,(2019M662373),8万,第一位,主持人 • 2020.01 - 2021.01,教育部和国家卫健委重点实验室开放基金(2020XXGJB002),5万,第一位,主持 • 2020.01 - 2021.01,山东省重点实验室开放基金(2020NGN003),5万,第一位,主持 • 2019.03 - 2020.03,基于人工智能算法的智慧健康信息学实验教学项目,山东财经大学, 2 万,第一位,主持 • 2019.01 - 2021.12,基于多任务学习方法的药物不良反应信号预测,山东省高校科研计划(KJ2018BAN077), 2 万,第一位,主持 • 2019.12 - 2024.12,支撑精准智能诊疗的跨组学大数据因果推断理论方法及其智能系统研究(ZR2019ZD02),山东省科技厅,216万,核心骨干 • 2020.01 - 2020.06,新型冠状病毒肺炎时空流行病学及应急防控策略研究(2020SFXGFY02-2),山东省科技厅,100万,核心骨干 • 2014.09 - 2018.05,A Translational Bioinformatics Approach in the Drug Interaction Research,美国国立卫生研究院基金NIH(1R01GM104883-001A1), $340,872.00,骨干 • 2009.08 - 2015.09,Computational Methods to Advance Chemical Genetics by Bridging Chemical and Biological Spaces,美国国家自然科学基金 NSF (0905220), $854,732.00,骨干 奖励&荣誉 • 完成“改革完善重大疫情防控救治体系”重点课题公关,科技部书面嘉奖 论文 1. Journal proceedings • Fan Yang et al, Signaling repurposable drug combinations against COVID-19 by developing the heterogeneous deep herb-graph method, Briefings in Bioinformatics, IF=11.622, doi.org/10.1093/bib/bbac124, CCF-B, JCR Q1, 中科院一区 • Hao Wu, Pengyu Zhang, Zhaoheng Ai, Leyi Wei, Hongming Zhang, Fan Yang*(通讯), Lizhen Cui. “StackTADB: a stacking-based ensemble learning model for predicting the boundaries of topologically associating domains (TADs) accurately in fruit flies”, Briefings in Bioinformatics, IF=11.622, CCF-B, JCR Q1, 中科院一区 • Yang, Fan, Fuzhong Xue, Yanchun Zhang, and George Karypis. "Kernelized Multitask Learning Method for Personalized Signaling Adverse Drug Reactions." IEEE Transactions on Knowledge and Data Engineering. 2021, IF=6.977, CCF-A, JCR Q1, 中科院一区 • Yang, Fan, Qi Zhang, Zhongshang Yuan, Saisai Teng, Lizhen Cui, Leyi Wei, and Fuzhong Xue. "Signaling Potential Therapeutic Herbal Medicine Prescription for Treating COVID-19 by Collaborative Filtering." Frontiers in Pharmacology: 3534., 2021, IF=5.810, JCR Q1 中科院二区 • Fan Yang, Qi Zhang, Xiaokang Ji, Yanchun Zhang, Wentao Li, Shaoliang Peng∗, Fuzhong Xue∗ Machine Learning Application in Drug Repurposing, Interdisciplinary Sciences-Computational Life Sciences, 2021, IF=2.233, JCR Q2 中科院二区 • Sun, Zhenchao, Hongzhi Yin, Hongxu Chen, Tong Chen, LiZhen Cui, and Fan Yang*(通讯). "Disease Prediction via Graph Neural Networks." IEEE Journal of Biomedical and Health Informatics (2020)., IF=4.217, CCF-C类, JCR Q1, 中科院一区 • Li, Hongkai, Yuanyuan Yu, Lei Hou, Xiaoru Sun, Xinhui Liu, Fan Yang, Yifan Yu, Qing Wang, and Fuzhong Xue. "A Negative Control Outcome Regression Accounting for Unobserved Confounding and Lagged Causal Effects.". • Wang, Q., Kang, F., Zhang, Z., Yang, F., Li, H., Ji, X., Wang, Y., Pang, D., Wang, Z., Pan, F. and Zong, J., Effects on Hypertension Control of Distributing Essential Medicines at No Charge: A Quasi-Experimental Study In Rural Communities Of China. • Liu, Lu, Lei Hou, Yuanyuan Yu, Xinhui Liu, Xiaoru Sun, Fan Yang, Qing Wang et al. "A novel method for controlling unobserved confounding using double confounders." BMC medical research methodology 20, no. 1 (2020): 1-12. • Yu, Yuanyuan, Hongkai Li, Xiaoru Sun, Xinhui Liu, Fan Yang, Lei Hou, Lu Liu et al. "Identification and Estimation of Causal Effects Using a Negative-Control Exposure in Time-Series Studies With Applications to Environmental Epidemiology." American Journal of Epidemiology (2020). • Yang, Fan, Shuaijie Zhang, Qing Wang, Qi Zhang, Junming Han, Lijie Wang, Xinying Wu, and Fuzhong Xue. "Analysis of the global situation of COVID-19 research based on bibliometrics." Health information science and systems 8, no. 1 (2020): 1-10. • 2018, WANG Xingrun, NIE Xiushan, YANG Fan, et al. Video summarization based on learning to rank. CAAI Transactions on Intelligent Systems, 13(6), 921-927. DOI: 10.11992/tis.201806013 • 2015, Fan Yang, Xiaohui Yu, and Yang Liu. SCSVM: Identifying Rumor Microblogs using Semi-Supervised Cascade Support Vector Machine, Journal of Computational Information Systems, EI 2. Conference proceedings • Hou, Meihao, Fan Yang, Lizhen Cui, and Wei Guo. "Predicting Adverse Drug-Drug Interactions via Semi-supervised Variational Autoencoders." In Asia-Pacific Web (APWeb) and Web-Age Information Management (WAIM) Joint International Conference on Web and Big Data, pp. 132-140. Springer, Cham, 2020., CCF-C类 • Yang, Fan, Xiaohui Yu, and George Karypis. "Signaling adverse drug reactions with novel feature-based similarity model." In 2014 IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine (BIBM), pp. 593-596. IEEE, 2014., CCF-B 类 • Fan Yang, Xiaohui Yu, Credibility Measuring on Massive Microblog based on Semi-Supervised Cascade SVM, China Computer Federation Artificial Intelligence (CCFAI’ 13). July 31 - August 2, 2013. Beijing, China • Yang, Fan, Yang Liu, Xiaohui Yu, and Min Yang. "Automatic detection of rumor on sina weibo." In Proceedings of the ACM SIGKDD workshop on mining data semantics, pp. 1-7. 2012. 专利 • 国家发明专利,一种个性化药物不良反应预测方法、系统、设备及介质,ZL202010745145.X,授权 • 国家发明专利,PDIA3P1作为胶质瘤预后标志物的应用,CN110760587B,授权 • 国家发明专利,基于协同过滤的新型冠状病毒中药组方推荐方法及系统,202110037705.0,受理(实质审查) • 国家发明专利,基于新冠蛋白质异构网络聚类的中药处方推荐方法及系统,202110038417.7,受理(实质审查) • 国家发明专利,基于医学知识库的疾病数据分析方法和肺癌风险预测系统 2020106874279,受理(实质审查) • 国家发明专利,逐步筛选的泌尿系统重疾指标确定方法及风险预测系统,2020106883598,受理(实质审查) • 国家发明专利,一种消化道疾病数据加密获取方法及风险预测系统,2020106883668,受理(实质审查) • 国家发明专利,一种心脏疾病数据队列生成方法和风险预测系统,2020106883051,受理(实质审查) • 国家发明专利,一种疾病数据调度管理方法和骨癌风险预测系统,2020106871158,受理(实质审查) • 国家发明专利,一种疾病数据结构化方法及甲状腺癌风险预测系统,2020106873007,受理(实质审查) • 国家发明专利,一种骨髓血液疾病危险因素贡献率计算及风险预测系统,2020106873295,受理(实质审查) • 国家发明专利,一种妇科肿瘤疾病风险预测可视化系统,2020106873153,受理(实质审查) • 国家发明专利,一种传染病的流行趋势预判方法及系统,2021102601510,受理(实质审查) • 国家发明专利,全基因组致病SNP精细定位的因果关联分析方法,2021111494861,受理(实质审查) 软著 • 履职分析管理系统V1.0, 2020SR240506 • 智慧餐饮供应商管理系统V1.0, 2020SR0239498 • 智慧餐饮外卖结算软件(Android版)[简称: 外卖结算软件]V1.0, 2020SR0240493 • 智慧餐饮定额结算软件(Android版)[简称: 定额结算软件]V1.0, 2020SR0242221 • 智慧餐饮库存管理系统V1.0, 2020SR0240499 • 智慧餐饮自选结算软件(Android版)[简称: 自选结算软件]V1.0, 2020SR0240512 • 智慧餐饮营养分析系统V1.0, 2020SR0240664 • 智慧餐饮食材管理系统V1.0, 2020SR0239468 • 智慧化排菜软件V1.0, 2020SR0239550 • 智能备餐台健康平台V1.0, 2020SR0239556

成果情况

1. [论文成果] Kernelized Multitask Learning Method for Personalized Signaling Adverse Drug Reactions ( 第一位 IEEE Transactions on Knowledge and Data Engineering 10.1109/TKDE.2021.3108819 1,1-4 6.97 SCI 2021-09-01 )\n2. [论文成果] Identification and Estimation of Causal Effects Using a Negative-Control Exposure in Time-Series Studies With Applications to Environmental Epidemiology ( 第三位 American Journal of Epidemiology 10.1093/aje/kwaa172. 190(3)468-476 4.89 SCI 2021-02-01 )\n3. [论文成果] Analysis of the global situation of COVID-19 research based on bibliometrics ( 第一位 Health information science and systems 10.1007/s13755-020-00120-w 8,1-10 4.2 SCI 2020-09-30 )\n4. [论文成果] Predicting Adverse Drug-Drug Interactions via Semi-supervised Variational Autoencoders ( 第二位 Asia-Pacific Web (APWeb) and Web-Age Information Management (WAIM) Joint International Conference on Web and Big Data 978-3-030-60290-1 132-140 EI 2020-10-14 )\n5. [论文成果] Automatic detection of rumor on sina weibo ( 第一位 Proceedings of the ACM SIGKDD workshop on mining data semantics 10.1145/2350190.2350203 13,1-7 EI 2012-09-01 )\n6. [论文成果] Signaling Adverse Drug Reactions with Novel Feature-based Similarity Model ( 第一位 IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine 10.1109/BIBM.2014.6999227 EI 2014-12-01 )\n7. [论文成果] Disease Prediction via Graph Neural Networks ( 指导学生为第一作者 IEEE Journal of Biomedical and Health Informatics 10.1109/JBHI.2020.3004143 Volume: 25, Issue: 3 5.22 SCI 2020-06-22 )\n8. [论文成果] StackTADB: a stacking-based ensemble learning model for predicting the boundaries of topologically associating domains (TADs) accurately in fruit flies ( 通讯作者 Briefings in Bioinformatics 11.622 SCI 2022-01-01 )\n9. [论文成果] Signaling Repurposable Drug Combinations against COVID-19 by Developing the Heterogeneous Deep Herb-Graph Method ( 第一位 Briefings in Bioinformatics 11.622 2022-03-15 )\n10. [论文成果] Therapeutic drug combinations against COVID-19 obtained by employing a collaborative filtering method ( 通讯作者 Heliyon WOS: 3.776 SCI 2023-03-01 )\n11. [论文成果] Analysis of the global situation of COVID-19 research based on bibliometrics. ( 第一位 Health information science and systems 8 WOS:000574247800001 5.017 2023-02-01 )\n12. [论文成果] Kernelized Multitask Learning Method for Personalized Signaling Adverse Drug Reactions ( 第一位 IEEE Transactions on Knowledge and Data Engineering WOS: 9.235 SCI 2023-02-01 )\n13. [项目成果] 面向主动健康的疾病预测预警及干预技术研究(2020YFC2003500) ( 第二位 科技部 国家级 2023-06-30\n14. [项目成果] 基于深度因果学习方法的个性化精准医疗预测研究(2019M662373) ( 第一位 中国博士后基金委员会 国家级 2023-09-01\n15. [项目成果] 基于跨组学因果学习方法的心脑血管疾病精准用药研究(2020XXGJB002 ( 第一位 教育部和国家卫健委重点实验室开放基金 厅、局级 2020-11-01\n16. [项目成果] 基于跨组学因果学习方法的脑胶质瘤精准用药研究(2020NGN003) ( 第一位 山东省重点实验室开放基金 厅、局级 2020-11-01\n17. [项目成果] 面向PB级多源卫生健康科学大数据的智能分析与挖掘关键技术及示范应用 ( 2021YFF0704100 第二位 科技部 国家级 2025-11-30\n18. [项目成果] 面向多组学大数据队列的因果标记筛选及个性化因果预测方法研究 ( 82273736 第一位 82273736 国家级 2026-12-31\n19. [科研奖励成果] 完成“改革完善重大疫情防控救治体系”重点课题 ( 中国专利金奖 第五位 国家级 一等奖 2020-03-17 )\n20. [专利成果] 一种个性化药物不良反应预测系统、设备及介质 ( 第一位 ZL202010745145.X 发明专利 2021-08-06 )\n21. [专利成果] 基于新冠蛋白质异构网络聚类的中药处方推荐方法及系统 ( 第一位 ZL202110038417.7 国家授权发明专利 2022-09-20 )\n22. [专利成果] 基于协同过滤的新型冠状病毒中药组方推荐方法及系统 ( 第一位 ZL202110037705.0 国家授权发明专利 2022-06-28 )